虽然说是三大部门，但世界上都是独立首脑集团。偶尔，也会因为其他协会和圣堂教会的请求，而出借其下属的炼金术师。借用炼金术师，需要过去阿特拉斯院发出的"契约书"。阿特拉斯现在的想法是回收那只发行了七枚的借让契约书。

为了回避被初代院长所证明的"终结"，永不停息地在重复着销毁和打造兵器。"不要解开阿特拉斯的封印，否则世界会被毁灭七次的。"布拉格的炼金术师如此说道。为了拯救世界而做成的兵器，更是凄凉地沦为毁灭地球的道具。

隶属于阿特拉斯院的最低条件，被定为能进行三个分割思考以及高速思考。由于他们仅仅只是"炼金术师"的缘故，与时钟塔的魔术师那种产生出魔力火球的把戏没有缘分。

组织构造

位于埃及阿特拉斯山脉，周围都是沙漠。学院建于地下。通往中心部分的路被设计成让外出者迷路的结构，这是因为比起外部人员进入，他们更害怕内部人员出去。炼金术师们各自在自己独立工房研究。这里没有任何禁忌，但只有一个条件，决不能将自己制作的东西带去外面，这是阿特拉斯院的大原则。若要说例外，那就是创院初期被制造出来的七张契约书，唯独对持有该契约书的人，阿特拉斯院会破例协助。

虽说在地下，但中心部分却有着近乎一座城市规模的空间。人类所需的、生活必须的东西一应俱全。空洞上方是人造的天空。耸立于中心的三尖塔是拟似灵子演算器·三尖赫尔墨斯。

炼金术师

阿特拉斯院的炼金术

阿特拉斯院中的炼金术的起源，是古埃及神话中的魔术先祖，女神伊西斯的延续。[31]

研究物质流转的人。那就是炼金术师。时钟塔的炼金术师藉着与西洋魔术融合，产生出像爱因兹贝伦的人造人（Homunculus）那般的成品。不过阿特拉斯院的炼金术师，比其要更加接近原义，把"事象的变换"定为最高目的。炼金术中常被提及的"将卑金属变换成黄金"，对阿特拉斯院的成员来说仅仅是"物质的变换"，只不过是遥遥远离理想的幼稚拙劣的技术。他们的炼金术，是把作为其源流的古代埃及冶金术高度发展而成的，并不像时钟塔的魔术师们操纵的所有炼金术那般，几乎完全没受到西洋魔术的影响。

能力技术

阿特拉斯的基本是【高速思考】和【分割思考】，在这之后就会学到叫做变换式和加速式的炼金术。

对于身体（肉体）的观点也独特，不是脑控制身体，而是为让脑更好地发挥机能而有肉体，这样认为。若只是产生出单纯的演算能力的怪物，没有作为炼金术师的必要，只要成为技术人员就可以了。对他们来说所谓的人体是"肉体·精神·魂三位一体，在计算、实践、成长上优秀的个体"。

【分割思考】：阿特拉斯的优秀炼金术师能够自由自在地把思考进行并列处理、转瞬间进行计算。[36]如果是阿特拉斯的炼金术师，至少要做到把思考分割成三部分，五个部分的就是天才了。过去，最最优秀的的院长听说可以分成八个部分。

另外，魔术回路贫乏也是其特征，因此他们在学习魔术的过程中不依赖魔力，而是依赖大量道具。拟似灵子...将魂作为可观测的能量，创造出拥有魔术回路的生命体，人造人。"无需自己成为最强，我们只需创造最强即可"，以此为信条，他们创造了众多兵器，包括能毁灭世界的【七大兵器】。现阶段他们认清了极限，把这些都封印了起来。无论如何，阿特拉斯院乃地上无法比拟的"魔术礼装"储藏库。

院长：阿特拉斯院的院长都会被赋予"阿特拉西亚"的名号。传闻历代院长必然会发狂。